Una cosa para recordar es que el p-valor es una estadística---toma sus datos y la transforma en una manera particular. Como resultado, el valor de p es una variable aleatoria. Tiene una media y una varianza. Es difícil calcular la distribución de la p-valor en general, pero es fácil calcular que bajo la hipótesis nula: si la hipótesis nula es verdadera, el valor de p tiene una distribución uniforme entre 0 y 1.
Puesto que el p-valor es al azar, es posible que los dos valores de p que se comparan no son estadísticamente diferentes. (De nuevo, el cálculo de los valores de p para las diferencias en los valores de p es duro, generalmente requiere más fuerte supuestos que el problema nos da. Que dos valores de p son estadísticamente iguales, entonces, es difícil de probar.)
Andrew Gelman le gusta decir que "la diferencia entre estadísticamente significativa y no, no es estadísticamente significativa." En otras palabras, 0.05 no es un mágico y de corte está por debajo de este valor no es necesariamente distinto a ser un poco arriba, debido a la aleatoriedad de la p-valor en sí mismo.
Otro problema es que algunos procedimientos son más eficientes que otros. Normalmente, la eficiencia se obtiene al hacer suposiciones adicionales sobre los datos y el uso de los supuestos para elaborar ajustes en el procedimiento de estimación. Es posible que los dos estudios tienen la misma estimación del efecto, pero tienen diferentes errores estándar, que conducen a diferentes valores de p simplemente porque un estudio que hace de los supuestos adicionales que obtiene menor de los errores estándar.
De real interés para usted debería ser si los dos estudios estiman el mismo efecto. Si las estimaciones son similares, la mayoría de la gente elegiría la más eficiente y significativa, a menos que ellos creen que los supuestos necesarios para la eficiencia no son válidos.
Si las estimaciones del efecto en sí no son similares, entonces usted necesita para mirar a los dos procedimientos de estimación y determinar cuál es el más convincente---esto no es algo que me puede comentar sin conocer los detalles.