La presión es un factor de proporcionalidad. El área es la que te da dirección. Tienes que recordar que la presión está definida en todo el volumen en general, no solo en la superficie. Un volumen de gas tiene la presión definida en todas partes. Y la dirección de la fuerza la determinas tú, por la forma en que orientas la superficie que introduces en el gas.
$$\vec{F}=p\vec{A}$$ Aquí puedes ver que el área es el vector.
Citando a wikipedia:
Es incorrecto (aunque bastante común) decir "la presión está dirigida en tal o cual dirección". La presión, al ser un escalar, no tiene dirección. La fuerza proporcionada por la relación anterior a la cantidad tiene una dirección, pero la presión no. Si cambiamos la orientación del elemento de superficie, la dirección de la fuerza normal cambia en consecuencia, pero la presión sigue siendo la misma.
Debo aclarar que esto calcula la fuerza causada por la presión, entonces TE DA la fuerza perpendicular al área, dado el vector del área. Es la ecuación definitoria y la única que captura lo que realmente hace la presión, por lo que siempre es cierta, pero necesita ser entendida como una fórmula para calcular la fuerza a partir de la presión.
Si $\vec{F}$ es simplemente causado por la presión, no puede ser otra cosa que perpendicular al área, de lo contrario tendrías otras fuerzas presentes en el sistema, o el líquido no es isotrópico. Dicho esto, asumiendo que $\vec{F}$ es solo causado por la presión, podrías calcular $p$ tomando valores absolutos:
$$p=\frac{|F|}{|A|}$$
Matemáticamente, transformaste una ecuación de vector en una ecuación escalar asumiendo vectores paralelos, así que ahora no puedes introducir nada más, sino solo longitudes (o proyecciones - argumento similar) de F y A que estén garantizadas de haber sido paralelas, de lo contrario obtendrías un sinsentido. También pierdes el signo de la presión (para gases, no puede pasar, pero para sólidos elásticos o líquidos, puede "tirar" debido a las fuerzas intermoleculares).
However, estrictamente hablando, la presión es un tensor, pero para los gases, es isotrópica, así que actúa como un escalar. Sin entrar en detalles sobre qué es un tensor, imagina que en $p\vec{A}$, $p$ también puede transformar la dirección, no solo la magnitud de $\vec{A}$, por lo que la fuerza no tiene que ser perpendicular. Esto es cierto en sólidos elásticos, donde puedes transmitir fuerzas hacia los lados a la superficie, y en líquidos con flujo viscoso, donde la fuerza viscosa también es solo un stress (presión generalizada) transmitida a la superficie. En esta situación, $p$ tiene $6$ componentes independientes, así que no puedes medirla solo midiendo una fuerza en una sola superficie. Necesitarías medir todas las componentes de la fuerza en 3 superficies colocadas en diferentes orientaciones. Solo en los gases puedes confiar en que la fuerza tenga la misma magnitud sin importar la orientación.
Lecturas adicionales:
https://en.wikipedia.org/wiki/Cauchy_stress_tensor
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Posible duplicado de Definir Presión en un punto. ¿Por qué es un escalar?
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Y también todos los enlaces incluidos en él