Históricamente, creo que fue porque era mucho más fácil de calcular.
¿Cómo se calcula $10^{4.32}$ ? Tal vez pueda aumentar $10^{432}$ Pero entonces, ¿cómo se extrae eso? $100^{th}$ ¿raíz? Tal vez uses el método de Newton o algo así, pero es un proceso largo, y no es "uniforme": hacer una tabla de valores de esta manera sería horrible.
Sin embargo, para aproximar una tabla de valores para $e^x$ es bastante fácil:
$\begin{align*} e^{0.1} &\approx \left((1+\frac{1}{10})^{10} \right)^{0.1}=1.1\\ e^{0.2} &\approx 1.1^2 = 1.21\\ e^{0.3} &\approx 1.1^3 = 1.331\\ \vdots \end{align*}$
Se puede mejorar la precisión sistemáticamente utilizando aproximaciones más finas, como $e^{0.01} \approx 1.01$ . Lo único que hay que hacer para generar la tabla es multiplicar (lo que para estas bases equivale a desplazar y sumar).
Napier utilizó $e^{0.00000001}$ para hacer su tabla de logaritmos. Manejar el error en los términos (que se hacen pequeños rápidamente, pero se suman en el transcurso de una tabla muy larga) fue muy poco trivial. Una vez que tuvo sus tablas de logaritmos, permitió realizar un gran número de cálculos con mayor facilidad (incluyendo la creación de herramientas como la regla de cálculo).