Es importante distinguir entre el tiempo y el flujo del tiempo.
La hora, $t$ es sólo una coordenada como $x$ , $y$ y $z$ que utilizamos para especificar puntos en el espaciotiempo. La coordenada temporal no tiene una flecha más que $x$ , $y$ o $z$ tienen flechas. El eje del tiempo tiene una dirección negativa y otra positiva, al igual que las coordenadas espaciales, pero a energías normales todas las ecuaciones fundamentales que utilizamos en física son simétricas en el tiempo, es decir, no distinguen entre el futuro y el pasado.
Pero, por supuesto, podemos movernos en cualquier dirección del espacio, mientras que nuestra experiencia nos dice que tenemos que movernos en el tiempo a un segundo por segundo. Esto es el flujo del tiempo. Hay un sinfín de discusiones sobre si el flujo del tiempo es un capricho de la percepción humana o algo fundamental, pero quizá debamos pasarlas por alto aquí.
Planteas un sistema que está al máximo de entropía. La entropía es una cantidad estadística, y si observas la microestructura de tu sistema verás que sigue cambiando con el tiempo. Las moléculas de gas siguen dando vueltas y chocando con otras moléculas de gas, y sus interacciones siguen siendo descritas por funciones del tiempo. Así que, en este sentido, el tiempo sigue siendo igual que antes.
Sin embargo, cuando se consideran las propiedades a gran escala, como la presión o la densidad, si el sistema está en el máximo de entropía, éstas no pueden cambiar significativamente, o más exactamente, es muy improbable que cambien significativamente. Así, por ejemplo, ningún reloj macroscópico puede funcionar, porque el funcionamiento de un sistema macroscópico (real, es decir, no reversible) siempre va acompañado de un aumento de la entropía.
Pero, ¿significa esto que el flujo del tiempo ¿se ha detenido? Creo que se trata más de semántica que de física. En la microescala, el sistema sigue evolucionando con el tiempo, aunque los sistemas de macroescala, como usted y yo, no puedan experimentar ningún flujo de tiempo. Mi opinión sería que no es útil decir que el flujo del tiempo se ha detenido en dicho sistema. Hacer esa afirmación sólo significa que no has mirado el sistema con suficiente atención.