Tengo un archivo que contiene las coordenadas atómicas (en formato XYZ) de una estructura, y también tengo una lista de las cargas atómicas parciales de cada átomo. Me gustaría crear una imagen de la estructura en la que los colores de los átomos se correspondan con las cargas calculadas. ¿Cuáles son algunas buenas maneras de hacer esto?
Es un compuesto de ejemplo interesante el que has elegido. Personalmente, preferiría no ir a ninguna parte de él, o de las azidas en general, excepto quizás directamente a una distancia segura. Preferiblemente dando pasos muy cuidadosos mientras lo hago. Pero bueno, no soy un verdadero químico :)
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(En respuesta a un comentario borrado). Me alegraría que sirviera de algo, pero no veo ninguna ventaja en hacerlo. Las coordenadas XYZ son un simple $n\times3$ y las cargas se almacenan como una $n\times1$ vectorial. El tipo de archivo es irrelevante (puedo convertirlo libremente a cualquier formato de su elección - CIF, *CAR, XYZ, JMol, etc.).
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Junto a las respuestas de abajo, he encontrado otro post de stackexchange que está bastante relacionado, y tiene unas cuantas opciones bien discutidas para obtener su visualización: chemistry.stackexchange.com/questions/76592/
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Si nunca has oído hablar de IsoDistort, puedes probarlo. stokes.byu.edu/iso/isodistort.php