Creo que deberías considerar la posibilidad de dividir tus pruebas en 2 partes: Pruebas de estrés de la FPGA y pruebas de estrés de la PSU.
Si quieres ver si la FPGA no se sobrecalienta (o si quieres verla sobrecalentarse) seguro que pones un programa que se ejecute a la mayor frecuencia posible con todas las celdas lógicas necesarias. Usa todos los bloques DSP, etc, y consumirá mucha energía..
Si quieres conocer el comportamiento transitorio de la carga de tu fuente de alimentación, no creo que debas utilizar una FPGA para ello. ¿Qué pasa si el núcleo de 1,2V sobrepasa brevemente los 2V cada vez que haces un transitorio de carga y mata a la FPGA después de 10 intentos?
Yo diría que conectes una carga pesada a tu SMPS sin FPGA y la enciendas y apagues muy rápidamente. Utiliza un interruptor de palanca y un solo disparo en el osciloscopio. A un SMPS no le gustan las variaciones de carga. Si la corriente de carga cae rápidamente, la corriente de salida irá al condensador de salida. Si el condensador de salida se carga muy rápidamente con la corriente de carga, vas a ver algunos picos muy altos. Lo mismo ocurre si pones una carga; el SMPS tarda en subir a la corriente particular, por lo que el condensador de salida se descarga en su lugar. Si los picos de tensión son muy grandes, aumenta la capacitancia de salida. Esto hará que la fuente tarde más en arrancar, etc., pero podrá soportar mejor estos cambios de carga elevados.
De lo contrario, es posible que desee un SMPS con mayor frecuencia y menor inductancia para que responda más rápido.