Estás confundiendo la adición de variables aleatorias con la concatenación de muestras (fácil de hacer, ¡me llevó un tiempo darme cuenta de por qué tu código no funcionaba!). Entonces para variables aleatorias independientes $X$ e $Y$ puedes escribir $\rm{Var}(aX+bY) = a^2\rm{Var}(X) + b^2\rm{Var}(Y)$, notando que los coeficientes están elevados al cuadrado. Esto se aplicaría (aproximadamente) a muestras de la siguiente manera
set.seed(1)
n <- 100
mu = 1
sigma = 1
a<-rnorm(n,mu,sigma)
b<-rnorm(n,mu,sigma)
weight_a <- 1/4
weight_b <- 3/4
sqrt(sd(a)^2*weight_a^2+sd(b)^2*weight_b^2)
[1] 0.7526849
sd(weight_a*a + weight_b*b)
[1] 0.7524718
Para la concatenación de muestras necesitas aplicar la fórmula para la varianza $\rm{Var}(X) = E(X^2) - (E(X))^2$, ajustada apropiadamente por el hecho de que estás usando muestras, es decir, multiplicar por $n/(n-1)$. Esto se ilustra con código de R a continuación.
suma2 = sum(a^2)
sumb2 = sum(b^2)
suma = sum(a)
sumb = sum(b)
sumc2 = suma2 + sumb2
sumc = suma + sumb
nc = n + n
(sumb2/n - (sumb/n)^2) * n/(n-1)
[1] 0.9175323
sd(b)^2
[1] 0.9175323
sumc2 = suma2 + sumb2
sumc = suma + sumb
(sumc2/nc - (sumc/nc)^2) * nc/(nc-1)
[1] 0.8632217
sd(c(a,b))^2
[1] 0.8632217
Cuando estás concatenando series ponderadas, los pesos pueden incorporarse naturalmente para dar la fórmula.
$$ \rm{Var}(\mathbf{w}) = \left(\frac{w_a^2 S_{aa} + w_b^2 S_{bb}}{n_a + n_b} - \left(\frac{w_a S_a + w_b S_b}{n_a + n_b}\right)^2 \right) \times \frac{n_a + n_b}{n_a + n_b -1}, $$
donde $\mathbf{w}$ es la serie formada al concatenar la serie $\mathbf{a}$ de longitud $n_a$ ponderada por $w_a$ y la serie $\mathbf{b}$ de longitud $n_b$ ponderada por $w_b$. $S_{aa}$ es la suma de los cuadrados de la serie $\mathbf{a}$, $S_{a}$ es la suma de la serie $\mathbf{a}$, y similar para $\mathbf{b}$.
Esto se ilustra en el siguiente código de R.
sumw2 = weight_a^2*suma2 + weight_b^2*sumb2
sumw = weight_a*suma + weight_b*sumb
(sumw2/nc - (sumw/nc)^2) * nc/(nc-1)
[1] 0.3314697
sd(c(weight_a*a, weight_b*b))^2
[1] 0.3314697
Nota que en el primer caso, adición, tuve que usar la misma longitud de series. Por conveniencia, continué con las mismas series. Pero el código utilizado para el segundo caso, concatenación, debería funcionar para series de diferentes longitudes.
Sin embargo, como @Peter Ellis menciona en su respuesta, el problema que estás tratando de resolver puede ser algo como una prueba t de dos muestras, donde asumes que las dos muestras son de la misma población, y por lo tanto la varianza subyacente de cada muestra es la misma. En este caso, deseas estimar la varianza poblacional. La fórmula para la varianza agrupada es bien conocida y se puede encontrar en wikipedia (wikipedia también proporciona una generalización a múltiples muestras).