Esto no es una solución completa, pero una reducción a una integral que se ve un poco más simple (aunque no estoy seguro de si se admite una forma cerrada de la expresión).
Integramos por partes y el uso de la expansión de la serie del logaritmo para obtener
$$I \equiv \int \limits_0^\infty \frac{\ln(1+x^2)}{\mathrm{e}^{\pi x}-1} \, \mathrm{d} x = \frac{2}{\pi} \int \limits_0^\infty \frac{-x \ln(1-\mathrm{e}^{-\pi x})}{1+x^2} \, \mathrm{d} x = \frac{2}{\pi} \sum \limits_{n=1}^\infty \frac{1}{n} \int \limits_0^\infty \frac{x \mathrm{e}^{-n \pi x}}{1+x^2} \, \mathrm{d} x \, .$$
Ahora empleamos la transformada de Laplace de la identidad
$$ \mathcal{L} \left(t \mapsto \frac{t}{1+t^2}\right) (p) = \sin(p) \left[\frac{\pi}{2} - \operatorname{Si}(p)\right] - \cos(p) \operatorname{Ci}(p) $$
y la representación
$$ \operatorname{Ci} (p) = \gamma + \ln(p) - \operatorname{Cin}(p)$$
del coseno integral ($\gamma$ es el de Euler-Mascheroni constante y el de las integrales trigonométricas se definen aquí) para escribir
$$ I = \frac{2}{\pi} \sum \limits_{n=1}^\infty \frac{(-1)^{n-1}}{n} \operatorname{Ci}(n \pi) = \frac{2}{\pi} \left[[\gamma + \ln(\pi)] \ln(2) - \eta'(1) - \sum \limits_{n=1}^\infty \frac{(-1)^{n-1}}{n} \operatorname{Cin}(n \pi)\right] \, .$$
$\eta$ es la de Dirichlet función de eta y desde $\eta'(1) = \gamma \ln(2) - \ln^2 (2) /2$ , nos encontramos con
$$ I = \frac{\ln(2) \ln(2 \pi^2)}{\pi} - J \, ,$$
donde
$$ J \equiv \frac{2}{\pi}\sum \limits_{n=1}^\infty \frac{(-1)^{n-1}}{n} \operatorname{Cin}(n \pi) = \frac{2}{\pi} \int \limits_0^{\pi/2} \frac{1}{t} \sum \limits_{n=1}^\infty \frac{(-1)^{n-1}}{n} [1-\cos(2 n t)] \, \mathrm{d} t \, . $$
Finalmente, la serie de Fourier de $\ln(\cos)$ rendimientos
$$ J = \frac{2}{\pi} \int \limits_0^{\pi/2} \frac{- \ln(\cos(t))}{t} \, \mathrm{d} t = \int \limits_0^1 - \ln(s) \tan \left(\frac{\pi}{2}s\right) \, \mathrm{d} s \approx 0.59921 \, .$$
No he encontrado una bonita expresión para $J$ todavía, pero tal vez alguien sabe cómo calcular esta integral.
El poder de la serie de expansiones de la integrands llevar a las siguientes representaciones en términos de Dirichlet función lambda y el dilogarithm:
$$ J = \frac{1}{\pi} \sum \limits_{n=1}^\infty \frac{\lambda(2n)}{n^2} = \frac{1}{\pi} \sum \limits_{k=0}^\infty \operatorname{Li}_2 [(2k+1)^{-2}] \, . $$