El ATmega puede trabajar sin un botón de reset. Apagar el controlador se reiniciará, como la O. P. esperado. En el circuito programador también restablecer el controlador cada vez que una nueva versión del firmware cargado.
Si se hace evidente que un botón de reset sería una buena cosa a tener, puede ser por cable como este:
Fuente: Atmel nota de aplicación AVR042 (AVR Hardware Consideraciones de Diseño) p.6
También hay un enfoque simplificado, aunque asegúrese de leer los comentarios hechos por @vaxquis a continuación.
Dado que el circuito está construido sobre una protoboard, uno siempre se puede echar un cable y toque entre RESET# y la tierra. Que se momentáneamente traer el RESET# a tierra, que se reinicie el controlador.