Hay dos tipos de vibración que harían que esto "funcionara": la vibración térmica y la sacudida real. Las sacudidas reales no son posibles porque implicarían empujar y tirar de una persona hacia delante y hacia atrás de forma que su velocidad media fuera cercana a la de la luz. La parte de "ida y vuelta" implicaría una aceleración, y por tanto una fuerza, muy superior a la que el cuerpo humano podría soportar.
Para ver la vibración térmica, es decir, el calentamiento, utilizamos la siguiente fórmula para la velocidad media de las moléculas en un cuerpo de temperatura $T$ (véase la nota más abajo):
$$v = \sqrt{\frac {3kT}{M}}$$
y al hacerlo, se supone que el cuerpo está formado por moléculas con la misma masa $M$ con temperatura uniforme $T$ . Tomemos un humano hecho completamente de carbono-12 para el cual $M$ es 12 kilogramos divididos por el número de Avogadro. Para $v \approx c$ ,
$$T \approx \frac {Mc^2}{3k} \approx \frac {2*3^2}{3*1.38}*10^{-23+2*8-(-23)} \approx 4.4*10^{16}K$$
que es bastante caliente.
Así que no estoy respondiendo realmente a tu pregunta.
¿Funcionan las vibraciones igual que el movimiento normal con respecto a la dilatación del tiempo?
Sí.
¿Así que una persona podría entrar en una máquina de este tipo y salir cientos de años en el futuro, a pesar de que habría pasado una cantidad de tiempo mucho menor desde su perspectiva?
Bueno, en principio podrías hacerlo, y las partículas con las que empezaste habrían viajado al futuro, pero sería exagerado decir que lo que acabas en el futuro es la persona con la que empezaste en cualquiera de los dos métodos de vibración.
Nota: Esta fórmula sólo es válida para gases ideales, lo que no es un gas calentado de forma relativista. Pero da una estimación de las temperaturas en las que estamos trabajando. Si alguien tiene la expresión para la velocidad térmica hiperrelativista, agradecería un comentario o una edición :)
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Alguien debería hacer un anime con un personaje bobo que puede hacer vibrar sus manos tan rápido que puede coger objetos del futuro y traerlos al presente.