Contraste para la prueba de hipótesis en R (lmer)

Question

Estoy corriendo un lmer de efectos mixtos con el modelo de cuatro niveles del factor a (niveles de "0","10","100","1000") como efecto fijo.

lmer(free ~ reward.f + (1|S), longdata)

Sé que, por defecto, R utiliza el tratamiento contrastes y los niveles de 10, 100 y 1000 son comparados con los de nivel "0". Yo en el lugar de cada nivel para ser comparado con el anterior, para probar una disminución monótona en "libre" a través de los niveles de "recompensa.f"

Yo haría esto:

contr.mat <- matrix(c(c(-1,1,0,0),c(0,-1,1,0),c(0,0,-1,1)),4)
colnames(contr.mat) <- c(10,100,1000)
contrasts(longdata$reward.f) <- contr.mat
    contrasts(longdata$reward.f)
     10 100 1000
0    -1   0    0
10    1  -1    0
100   0   1   -1
1000  0   0    1

Es este el correcto contraste de la matriz para estas comparaciones?

Answer 1

Sí [en Realidad no, usted tiene que tomar la transpuesta de la inversa generalizada de la matriz y establecerlo como el contraste de la matriz, como Sven puntos] - en el primer contraste (columna), '10', que es comparada con '0'; en el segundo, '100', con el '10'; en el tercero, '1000' con '100'. Tenga en cuenta que estos no son ortogonales: si no es estrictamente monotonía le preocupa que usted puede desear para considerar [reverse] contrastes de Helmert, que comparar cada nivel con la media de la posterior [anterior] los niveles; o polinomio de contrastes, que se partió el factor de efecto en lineales, cuadráticas y cúbicas efectos.

PS La columna de los nombres que has dado son un poco confusos, ya que son los mismos como los nombres de nivel.

Answer 2

Estás buscando deslizamiento diferencias aka. repite los contrastes, es decir,, $0\ vs. 10$, $10\ vs. 100$, y $100\ vs. 1000$. Pero su contraste de la matriz no es apropiado para estas pruebas.

     10 100 1000
0    -1   0    0
10    1  -1    0
100   0   1   -1
1000  0   0    1

En realidad, estos contrastes de prueba (1) la media del primer nivel ($0$) frente a la media de los niveles dos, tres y cuatro ($10$, $100$, y $1000$), (2) la media de los dos primeros niveles en contra de la media de los dos últimos niveles, y (3) la media de los tres primeros niveles en contra de la media del último nivel.

El contraste correcto de la matriz para el desplazamiento de las diferencias (dada una variable categórica con cuatro niveles) es:

        10  100  1000
0    -0.75 -0.5 -0.25
10    0.25 -0.5 -0.25
100   0.25  0.5 -0.25
1000  0.25  0.5  0.75

Para obtener más información, eche un vistazo a esta respuesta: Cómo interpretar custom estos contrastes?