¿Cómo optimizar la geometría del grafeno con Gaussian?

Question

Soy nuevo en Gaussian y quiero optimizar el grafeno usando DFT. Después de la optimización de la geometría se ha cambiado mucho, y algunos enlaces se establecieron como dobles y triples. ¿Por qué no puedo obtener los valores estructurales similares a la estructura de entrada?

Answer 1

La decisión de representar visualmente un enlace como simple, doble o triple en un programa de visualización molecular (por ejemplo, GaussView) se basa en reglas de distancia bastante arbitrarias que a menudo no representan el orden real del enlace. A menos que investigue el orden de los enlaces de otras maneras (por ejemplo, el índice de enlace de Wiberg), lo que está viendo para el orden de los enlaces no es más que una suposición. Si cambia de programa de visualización, es probable que los órdenes de bonos cambien.

Si, efectivamente, la geometría real del grafeno es completamente antifísica después de la optimización de la geometría, he aquí algunas preguntas que hay que hacerse:

1. ¿Qué tan buena es la estructura inicial que le diste al algoritmo de optimización? ¿Utilizas una estructura de grafeno de plantilla que debería acercarse a la geometría final? Si la has hecho "desde cero", valdría la pena aplicar la simetría a tu estructura antes de ejecutar el cálculo en Gaussian.

2. ¿Cómo ha terminado su grafeno? Dices que estás usando Gaussian, así que dudo que estés usando métodos periódicos. ¿Ha terminado todos los enlaces colgantes con hidrógenos, por ejemplo?

3. En consonancia con el punto 2, ¿cuál es el tamaño de su modelo de "racimo" de grafeno? Quizás el clúster que has elegido es demasiado pequeño.

4. Asegúrese de que no tiene varios errores en el archivo de entrada (por ejemplo, carga/multiplicidad).