Como se explica en los comentarios, la suavidad está garantizada por la definición de submanifold. La preocupación de que "las estructuras de los manifolds podrían no ser compatibles" es razonable, pero los submanifolds se definen de forma que la compatibilidad se mantenga. He aquí un ejemplo que no lo es: dejemos que $M$ sea la curva $y=|x|$ en el plano, considerado como la imagen de $\mathbb R$ en $f(x) = (x,|x|)$ . Podemos hacer $M$ un colector liso declarando $f$ un difeomorfismo. Ahora $f:\mathbb R\to M$ es suave pero $f:\mathbb R\to\mathbb R^2$ no lo es; las estructuras lisas no son compatibles. Pero por supuesto, $M$ no es un submanifold de $\mathbb R^2$ aquí.
El definición que tiene (que es la definición de un submanifold inmerso ) tiene incorporada la suavidad del mapa de inclusión.