La relación Eichler-Shimura no sólo demuestra la conjetura Hasse-Weil para curvas modulares. Por ejemplo, adjunta representaciones de Galois a formas modulares de peso 2. Con argumentos más delicados (utilizando cohomología etale con coeficientes no constantes, maquinaria de la que no disponía Shimura) se obtienen representaciones de Galois de formas modulares de mayor peso. Estas ideas han tenido muchas aplicaciones (por ejemplo, con el tiempo demostraron la FLT). En resumen: calcular la reducción mod p de curvas modulares no es sólo para Hasse-Weil.
Hacer lo mismo para las variedades Shimura es técnicamente mucho más difícil porque uno se encuentra con problemas tanto geométricos como automórficos. Pero el resultado, en cierto sentido, es el mismo: si se pueden resolver estas cuestiones (lo que se puede hacer, por ejemplo, con muchas variedades Shimura unitarias hoy en día, pero de ninguna manera con todas las variedades Shimura) entonces se puede esperar adjuntar representaciones de Galois a formas automórficas en otros grupos reductores, y también calcular la función L de la variedad Shimura en términos de formas automórficas.
¿Por qué querría uno hacer estas cosas? Permítanme que empiece por asociar las repeticiones de Galois a las autoformas. Este tipo de ideas son las que se han utilizado recientemente para demostrar la conjetura de Sato-Tate. Se sabía lo suficiente sobre las funciones L adjuntas a formas automórficas en grupos unitarios como para resolver las cuestiones analíticas, así que la cuestión principal era comprobar que las potencias simétricas de las representaciones de Galois adjuntas a una curva elíptica aparecían todas en la cohomología de las variedades de Shimura. Analizar la reducción mod p de estas variedades era sólo una de las muchas cosas que había que hacer para demostrarlo (aunque no era ni mucho menos el paso más difícil: las principales cuestiones técnicas estaban, supongo, en "demostrar los teoremas R=T", de forma similar al paso final de la demostración FLT que es un teorema R=T; las ideas de la función L vinieron antes).
Pero para responder a tu pregunta original, sí: si estás en la situación en la que entiendes la cohomología de la variedad Shimura lo suficientemente bien, entonces analizar la reducción de la variedad te dirá hechos no triviales sobre la función L de la variedad Shimura. Nótese, sin embargo, que el enlace no es completamente formal. La reducción mod p de las variedades sólo proporciona una "relación Eichler-Shimura" y, por tanto, un polinomio que aniquilará el elemento de Frobenius que actúa sobre la cohomología etale. Para entender la función L es necesario conocer el polinomio característico completo de este elemento de Frobenius. Para GL_2 se tiene la suerte de que el polinomio E-S es el polinomio característico, simplemente porque no hay espacio suficiente para que sea de otra manera. Este tipo de argumento se rompe en dimensiones más altas. Por lo que yo sé, estas cuestiones siguen muy abiertas para la mayoría de las variedades Shimura.
Así que, en resumen, para variedades Shimura generales, todavía se puede esperar una relación Eichler-Shimura, pero en realidad no se podría calcular la función L en términos de formas automórficas como consecuencia.