El punto es que ya suponen que hay algo de la teoría de conjuntos en juego al hablar de segundo orden de la lógica.
En otras palabras, el uso de primer orden de la teoría de conjuntos para hablar de segundo orden "diario de las teorías" como los números naturales, etc.
Diferentes modelos de $\sf ZFC$ puede tener tan diferentes que se establece que consideran como "el verdadero $\Bbb N$". Si $M$ es un modelo de $\sf ZFC$, entonces no se $M_0$ $M_1$ que son primarias equivalente a $M$, pero $M_0$ es contable, y por lo tanto sólo tiene countably muchos "número natural objetos", mientras que $M_1$ es aquel que tiene una cantidad no numerable de "número natural objetos". Ciertamente, estos no son isomorfos, aunque los mismos modelos bastante de acuerdo sobre "cómo las cosas deben verse como".
Así que sí, lo que en realidad tenemos es que de primer orden $\sf ZFC$ demuestra que los de segundo orden, las teorías de la $\Bbb N$ etc. son categóricos. O, si se quiere, dentro de un fijo universo de la teoría de conjuntos, $\Bbb N$ tiene una categoría de segundo orden de la teoría. Pero mudarse a un universo diferente, se pueden producir diferentes teorías y modelos diferentes.