La herramienta parece estar calculando simplemente la distancia euclidiana entre los dos puntos (la raíz cuadrada de la suma de las diferencias al cuadrado entre las coordenadas). Esto no tiene sentido para latitudes y longitudes, que no son coordenadas en un sistema de coordenadas cartesianas. No solo este número no es una distancia significativa, sino que ya no contiene la información necesaria para reconstruir una distancia a partir de él, por lo que no podrás calcular nada significativo a partir de él; necesitas volver a las latitudes y longitudes mismas.
Para calcular distancias entre puntos dados por latitudes y longitudes con precisión, necesitas saber qué geoide se usó como referencia al especificarlos. Pero dado que solo deseas obtener el 95% de la respuesta, puedes asumir con seguridad que la Tierra es una esfera.
Hay dos posibles significados para "la distancia entre dos puntos" en una esfera. Puedes tomar la distancia euclidiana entre los dos puntos (los puntos reales, no sus coordenadas de latitud/longitud como hace tu herramienta), o puedes tomar la distancia a lo largo de la curva más corta en la superficie de la Tierra. Nuevamente, si solo deseas llegar al 95% de la respuesta y las distancias son tan pequeñas como en tu ejemplo, la diferencia es despreciable, por lo que puedes tomar la distancia euclidiana, que es más fácil de calcular.
Para obtener la distancia euclidiana, primero puedes calcular las coordenadas cartesianas de los puntos a partir de sus latitudes y longitudes. Denotando la latitud por $\theta$, la longitud por $\phi$ y el radio de la Tierra por $R$ (con $R\approx 6371 \mathrm{km}$), estos vienen dados por
$$\vec{r}=\left(\begin{array}{c}x\\y\\z\end{array}\right) = \left(\begin{array}{c} R\cos\theta\cos\phi \\ R\cos\theta\sin\phi \\ R\sin\theta \end{array}\right)\;. $$
Luego obtienes la distancia entre ellos usando
$$d(\vec{r_1},\vec{r_2})=\sqrt{(x_2-x_1)^2+(y_2-y_1)^2+(z_2-z_1)^2}\;.$$
Dado que pareces tener distancias pequeñas y no estás interesado en la precisión, puedes simplificar esto expandiendo las funciones trigonométricas alrededor de uno de los puntos, o, para una mayor precisión, alrededor del punto medio $\theta=(\theta_1+\theta_2)/2$, $\phi=(\phi_1+\phi_2)/2$:
$$\vec{r_2}-\vec{r_1}\approx R\left(\begin{array}{c} \sin\theta\cos\phi(\theta_2-\theta_1)-\cos\theta\sin\phi(\phi_2-\phi_1) \\ \sin\theta\sin\phi(\theta_2-\theta_1)+\cos\theta\cos\phi(\phi_2-\phi_1) \\ \cos\theta(\theta_2-\theta_1) \end{array}\right)\;, $$
$${}$$
$$\lvert\vec{r}_2-\vec{r}_1\rvert\approx R\sqrt{(\theta_2-\theta_1)^2 + \cos^2\theta(\phi_2-\phi_1)^2}\;.$$
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¿Podría proporcionar un enlace a la aplicación o especificar de alguna manera de qué aplicación se trata?
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La respuesta de joriki tiene una expresión de theta no calificada en la última fórmula: math.stackexchange.com/suggested-edits/3639