Aunque @Samuel ya ha escrito lo que necesitas, aquí tienes un poco más de información sobre el interior (de EAGLE).
Las placas de circuito impreso suelen estar hechas de una resina reforzada con fibras de vidrio. Para fabricar placas de circuito impreso multicapa, se suelen fabricar varias placas de circuito impreso finas de doble capa (núcleos) y se pegan entre sí mediante el llamado prepeg. A continuación, se perforan las vías y se recubren las paredes de los agujeros con metal para hacerlas conductoras.
Sin embargo, es posible añadir vías ya a los núcleos y así hacer vías entre las distintas capas. Pero esto añade trabajo / costes adicionales.
EAGLE permite configurar entre qué capas de cobre se pueden hacer vias en la pestaña CAPAS de la ventana de reglas de diseño:
Aquí, dos núcleos (verde) están pegados por un prepeg (gris), y las vías son posibles a través de cada núcleo, así como todo el PCB. Esto se define por la cadena ((1*2)+(15*16))
en la configuración.
Puede cambiarlo por (1*2*15*16)
que también define una placa de circuito impreso de cuatro capas, pero sólo con vías en toda la placa.
Por último, puede, por supuesto, su configuración y el uso de "1-16" vias sólo, y esto es más para completar.