Entiendo que el orden horizontal importa para los índices en la misma posición vertical, por ejemplo:
$$T\left(V_{(1)},V_{(2)}\right) = T_\color{red}{\mu\nu}V^\mu_{(1)}V^\nu_{(2)} \neq T_\color{red}{\nu\mu}V^\mu_{(1)}V^\nu_{(2)} = T\left(V_{(2)},V_{(1)}\right)$$
Pero no entiendo por qué $T^\mu{}_\nu \neq T_\nu{}^\mu$ en general. A mi modo de ver, ambos son mapas lineales desde un vector y un vector dual a $\mathbb{R}$ . El orden horizontal de los índices no debería importar porque la posición vertical ya especifica si se refiere al índice del vector o al índice del vector dual:
$$T(\omega,V) = T^\color{red}\mu{}_\color{red}\nu \omega_\mu V^\nu = T_\color{red}\nu{}^\color{red}\mu \omega_\mu V^\nu = T(\omega,V)$$
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Sólo para aclarar, asumo que no tienes en mente el tensor de tensión-energía -- eso fue lo que asumí inicialmente por tu notación.
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@BenCrowell Correcto. Debería haber sido más cuidadoso con la notación. Pero $T^\mu{}_\nu \neq T_\nu{}^\mu$ para el tensor tensión-energía también, ¿verdad?