No pretendo tener una respuesta completa, pero quería ponerla aquí para que otros puedan ayudar a elaborarla.
Creo que la categorización "clásica" (aparte: en un reciente seminario sobre la homología de Heegaard Floer, la palabra "clásica" se definió como "publicada en el arXiv") de los racionales positivos es al mundo de los groupoides finitos. Este es, en cualquier caso, el enfoque impulsado por John Baez y colaboradores en su serie HDA y Groupoidificación. Puede que ya lo sepas, pero repasaré la estructura básica para otros lectores. Recordemos que un groupoide finito es precisamente: un conjunto finito de objetos, y para cada par de objetos un conjunto finito de formas en que son isomorfos, y algunas reglas de composición para que el isomorfismo sea transitivo. Los ejemplos más sencillos de groupoides son: los groupoides discretos, también conocidos como "conjuntos", en los que cada objeto es isomorfo a sí mismo exactamente de una manera, y no es isomorfo a ningún otro objeto; y el "punto mod G", en el que hay un único objeto, y un grupo finito G de maneras en las que es isomorfo a sí mismo (G debe ser un grupo para que el isomorfismo sea correctamente transitivo). Existe una buena noción de "equivalencia" de los groupoides, en la que, por ejemplo, el groupoide con un solo objeto, que es isomorfo a sí mismo de una sola manera, es equivalente al groupoide con dos objetos que son cada uno isomorfo a sí mismo precisamente de una manera y que son isomorfos entre sí precisamente de una manera. Los groupoides tienen una buena noción de "unión disjunta", y de hecho todo groupoide finito es equivalente a un groupoide que es una unión disjunta de varios "punto mod G" para varios grupos G, al igual que todo conjunto finito es una unión disjunta de puntos.
Lo que Báez y Dolan describieron fue la noción correcta de "cardinalidad" de un agrupoide. A saber, la cardinalidad es aditiva bajo la unión disjunta, preservada bajo la equivalencia de los grupúsculos, y la cardinalidad del "punto mod G" es 1/|G|. También hay una noción de producto cartesiano de grupos, y esta noción de cardinalidad es multiplicativa bajo productos. Además, si un grupo G actúa sobre otro grupito X, entonces existe un "grupito cociente" X//G, que tiene los mismos objetos que X e isomorfismos extra para la acción de G. Si la acción es libre, entonces X//G es equivalente al cociente "grueso" habitual X/G. Además, la cardinalidad de X//G es la cardinalidad de X dividida por el número de elementos de grupo de G.
Dado que existen grupos de cardinalidad positiva-integrable arbitraria, existen groupoides de cardinalidad no negativa-racional arbitraria. En este sentido, {Grupoides} categoriza a {Racionales}.
Pero hay al menos dos razones para sospechar de esta propuesta de categorización. En primer lugar, aunque la suma y la multiplicación se categorizan como esperamos que lo hagan -a la unión disjunta y al producto cartesiano-, la división es un poco extraña. No es inversa a la multiplicación, salvo por un lado: si se toma un grupito A, se multiplica por un conjunto B, y luego se divide por un grupo que actúa libre y transitivamente sobre B, se obtiene un grupito equivalente a A; pero si se divide primero, no se puede volver a multiplicar. Del mismo modo, no es generalmente cierto que X//G sea equivalente a X por pt//G. Tal vez haya algún tipo de "producto semidirecto" o "producto cruzado" de groupoides que realmente lo unifique todo --- no lo sé. En cualquier caso, cuando Báez explica su división, trata el numerador y el denominador de forma muy diferente: el numerador es algo así como un conjunto, mientras que el denominador es algo así como un grupo.
En segundo lugar, no es cierto que los {Racionales} sean el "grupo de Grothendieck" de los {Grupoides}, al menos no sin una fuerte agrupación. Como mínimo, hay muchos groupoides no equivalentes con la misma cardinalidad. Quizá esto sea una ventaja desde el punto de vista de tu pregunta: {Groupoids} puede ser capaz de distinguir los dos tipos de división que esbozas.