Echa un vistazo más de cerca a lo que estás haciendo cuando utilizas el algoritmo que describes para calcular un complemento ortogonal relativo al producto escalar euclidiano $\langle\cdot,\cdot\rangle$: estás resolviendo el sistema homogéneo de ecuaciones lineales $$\begin{align} \langle\mathbf w_0,\mathbf x\rangle &= 0 \\ \langle\mathbf w_1,\mathbf x\rangle &= 0 \\ \vdots \\ \langle\mathbf w_m,\mathbf x\rangle &= 0 \\ \end{align}$$ donde los $\mathbf w_k$ son una base para el subespacio. Esto se puede escribir como la única ecuación $W^T\mathbf x=0$, donde $W$ es la matriz con estos vectores base como sus columnas. Resolver esto equivale a encontrar el núcleo de $W^T$, como dijiste.
Para un producto interno arbitrario $(\cdot,\cdot)$ sobre $\mathbb R^n$, puedes establecer un sistema similar de ecuaciones lineales y resolverlo para encontrar el complemento ortogonal relativo a ese producto interno. Para expresar este sistema en forma de matriz, aprovechamos el hecho de que cualquier producto interno sobre $\mathbb R^n$ puede expresarse en términos del producto escalar euclidiano como $(\mathbf u,\mathbf v)=\langle\mathbf u,A\mathbf v\rangle$, donde $A$ es una matriz simétrica definida positiva fija. Esta matriz está dada por $A_{ij}=(\mathbf e_i,\mathbf e_j)$, donde los $\mathbf e_k$ son los vectores de la base estándar. Con esta matriz en mano, el sistema de ecuaciones puede escribirse como $W^TA\mathbf x=0$, por lo que encontrar el complemento ortogonal del subespacio es cuestión de calcular el núcleo de $W^TA$.
El proceso para $\mathbb C^n$ es similar, excepto que la matriz del producto interno será hermitiana y necesitarás usar transpuestos conjugados.
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@MattSamuel ¡Cowabunga!