Si agrupamos los números por el valor de $f(n)$, tenemos
$$S(x) = \sum_{k \leqslant \log_2 x} k\cdot\operatorname{card} \{ n \leqslant x : f(n) = k\} = \sum_{k \leqslant \log_2 x} \operatorname{card} \{ n \leqslant x : f(n) \geqslant k\}.$$
Si $p(k,x)$ denota la cantidad de números $\leqslant x$ que son múltiplos de una $k$-ésima potencia de un primo, que se convierte en
$$S(x) = \sum_{k} p(k,x).$$
Desde
$$\lfloor x\rfloor - p(k,x) = \sum_{ n\leqslant x} \mu(n)\left\lfloor\frac{x}{n^k} \right\rfloor$$
para$k\geqslant 2$,, omitiendo el límite superior de la suma, ya que todos los términos se $0$,
\begin{align}
S(x) &= \sum_{k=1}^\infty p(k,x)\\
&= \lfloor x\rfloor - 1 + \sum_{k=2}^\infty p(k,x)\\
&= \lfloor x\rfloor - 1 - \sum_{k=2}^\infty \left(\sum_{m=2}^\infty \mu(m)\left\lfloor \frac{x}{m^k}\right\rfloor\right)\\
&= \lfloor x\rfloor -1 - \sum_{k=2}^\infty \left(\sum_{m=2}^\infty \mu(m)\frac{x}{m^k} - \sum_{m=2}^\infty \mu(m)\biggl(\frac{x}{m^k} - \left\lfloor\frac{x}{m^k}\right\rfloor\biggr)\right)\\
&= x\biggl(1 - \sum_{k=2}^\infty \sum_{m=2}^\infty \frac{\mu(m)}{m^k}\biggr)
- (1+x-\lfloor x\rfloor) + \sum_{k=2}^\infty \sum_{m=2}^\infty \mu(m)\biggl(\frac{x}{m^k} - \left\lfloor \frac{x}{m^k}\right\rfloor\biggr)\\
&= \Biggl(\sum_{k=1}^\infty \biggl(1 - \frac{1}{\zeta(k)}\biggr)\Biggr)\cdot x + O(1) + O(\sqrt{x}). \tag{1}
\end{align}
Queda por demostrar la $O(\sqrt{x})$ estimado para la última suma. Tenemos
\begin{align}
\left\lvert \sum_{k=2}^\infty \sum_{m=2}^\infty \mu(m)\biggl(\frac{x}{m^k} - \left\lfloor \frac{x}{m^k}\right\rfloor\biggr)\right\rvert
&\leqslant \sum_{k=2}^\infty \sum_{m=2}^\infty \biggl(\frac{x}{m^k} - \left\lfloor\frac{x}{m^k}\right\rfloor\biggr)\\
&= \sum_{m=2}^\infty \sum_{k=2}^\infty \biggl(\frac{x}{m^k} - \left\lfloor\frac{x}{m^k}\right\rfloor\biggr)\\
&= \sum_{m=2}^{\lfloor \sqrt{x}\rfloor}\sum_{k=2}^\infty \biggl(\frac{x}{m^k} - \left\lfloor\frac{x}{m^k}\right\rfloor\biggr) + \sum_{m=\lfloor\sqrt{x}\rfloor+1}^\infty\sum_{k=2}^\infty \frac{x}{m^k}.
\end{align}
La última suma puede ser evaluado explícitamente,
$$\sum_{m= a+1}^\infty \sum_{k=2}^\infty \frac{1}{m^k} = \sum_{m=a+1}^\infty \frac{1}{m(m-1)} = \frac{1}{a},$$
y así
$$\sum_{m=\lfloor \sqrt{x}\rfloor+1}^\infty\sum_{k=2}^\infty \frac{x}{m^k} = \frac{x}{\lfloor\sqrt{x}\rfloor} \in O(\sqrt{x}).$$
Para la suma, hemos dividido el interior de la suma en $\frac{\log x}{\log m}$. Para $k \leqslant \frac{\log x}{\log m}$, utilizamos $0 \leqslant z-\lfloor z\rfloor < 1$ para obtener la estimación
$$\sum_{m=2}^{\lfloor \sqrt{x}\rfloor} \frac{\log x}{\log m},$$
que con
$$\sum_{m=2}^a \frac{1}{\log m} = \frac{a}{\log a} + O\left(\frac{a}{(\log a)^2}\right)$$
los rendimientos de un obligado
$$\sum_{m=2}^{\lfloor\sqrt{x}\rfloor}\sum_{k=2}^{\left\lfloor\frac{\log x}{\log m}\right\rfloor}\biggl(\frac{x}{m^k}-\left\lfloor\frac{x}{m^k}\right\rfloor\biggr) \leqslant 2\sqrt{x} + O\left(\frac{\sqrt{x}}{\log x}\right)\in O(\sqrt{x}),$$
y para la parte restante utilizamos
$$\sum_{k=a}^\infty \frac{1}{m^k} = \frac{1}{m^a(1-m^{-1})}$$
para obtener
$$\sum_{m=2}^{\lfloor\sqrt{x}\rfloor}\sum_{k=\left\lfloor\frac{\log x}{\log m}\right\rfloor+1}^\infty \frac{x}{m^k} \leqslant \sum_{m=2}^{\lfloor\sqrt{x}\rfloor} \frac{x}{m^{\left\lfloor\frac{\log x}{\log m}\right\rfloor+1}(1-m^{-1})}\leqslant \sum_{m=2}^{\lfloor\sqrt{x}\rfloor} \frac{1}{1-m^{-1}} \leqslant 2\lfloor\sqrt{x}\rfloor.$$
Así, el asintótica $(1)$ está probado.
Para el Dirichlet de la serie, podemos - por $\operatorname{Re} s > 1$ - escritura
$$\sum_{n=1}^\infty \frac{f(n)}{n^s} = \sum_{k=1}^\infty \underbrace{\sum_{n=1}^\infty\frac{[f(n) \geqslant k]}{n^s}}_{\sigma_k(s)},$$
donde $[\,\cdot\,]$ es la Iverson soporte. Desde $[f(n)\geqslant 1] = 1$ todos los $n\geqslant 2$$f(1) = 0$,$\sigma_1(s) = \zeta(s) - 1$, y para$k\geqslant 2$, se nota que
\begin{align}
\sigma_k(s) &= \sum_{m=2}^\infty (-\mu(m))\sum_{n=1}^\infty \frac{1}{(m^kn)^s}\\
&= \sum_{m=2}^\infty \frac{-\mu(m)}{m^{ks}}\zeta(s)\\
&= \biggl(1 - \sum_{m=1}^\infty \frac{\mu(m)}{m^{ks}}\biggr)\zeta(s)\\
&= \biggl(1 - \frac{1}{\zeta(ks)}\biggr)\zeta(s),
\end{align}
por lo tanto
$$\sum_{n=1}^\infty \frac{f(n)}{n^s} = \zeta(s)\cdot\sum_{k=1}^\infty\Bigl(1-\frac{1}{\zeta(ks)}\Bigr) = \zeta(s)\cdot \sum_{k=1}^\infty \frac{\zeta(ks)-1}{\zeta(ks)}.$$