La manera en que yo entiendo que es (y a mi entender no significa que sea perfecto, o completa), como usted ha señalado correctamente: un ión de hidrógeno es de hecho un protón. El protón es un "desnudo cargo" y, como usted bien ha dicho, "el pequeño". un
Esto hace que sea extremadamente reactivo (en un sentido), y por lo tanto en un sistema químico de cualquier tipo se buscan de inmediato y se asocian con las nubes de electrones de un entorno molécula.
Por ejemplo, en una solución acuosa de forma $\ce{H_3O+}$ (de iones hidronio, que están solvatados por las moléculas de agua y formar una forma de agregados).
Una muy interesante forma de mirar se señaló en los comentarios (solo poner aquí, para que nadie se la pierda)
Una interesante manera de pensar acerca de la reactividad de un desnudo de protones es calcular su densidad de carga y comparar con otras monocations, tales como Li+. De esta manera queda claro por qué los protones libres se resumen los electrones de casi cualquier cosa. – Nicolau Saker Neto
Nota (hasta donde yo sé, quizás alguien me corrija si me equivoco) los protones libres son bastante estables (por libre me refiero a que no se obliga a los electrones o a otros nucleones) y por lo general no se transforman en otras partículas. Existen en varios naturalmente situaciones de alta energía plasmas vienen a la mente.