Personalmente, los gráficos con 3 ejes me resultan casi imposibles de interpretar. Preferiría mucho más hacer un gráfico utilizando otra cosa para representar la tercera dimensión, pero hay varias opciones dependiendo de la necesidad. El color, que usted menciona, funciona bien cuando la tercera dimensión tiene un pequeño número de categorías discretas (pero tenga en cuenta que bastantes personas son daltónicas; para más información sobre el uso del color, vea ColorBrewer). Los gráficos reticulares (por ejemplo, el lattice
paquete en R
) puede funcionar muy bien para 3 o más dimensiones. ggplot
, otro R
paquete, ofrece facetas.
No sé, pues, si hay reglas "generales"; creo que depende del tipo de datos que tengas (en cada dimensión) y de lo que quieras destacar en los gráficos.