Se conocen varios resultados en esta línea, todos los cuales utilizan una técnica: Se demuestra que si el problema es NP-completo, entonces falla alguna hipótesis de complejidad muy fuertemente creída. En las siguientes explicaciones, un asterisco* significa "a menos que una hipótesis de complejidad muy fuertemente creída (por ejemplo, P $\neq$ NP) falla".
Se sabe que la factorización no es NP-completa.* Hay que tener un poco de cuidado con la factorización por una razón técnica: en su versión más natural ("Dado un número, factorícelo") no es un "problema de decisión". Una versión estándar de problema de decisión es: "Dados n, L y U, ¿hay un factor primo de n entre L y U?". Esto se ve fácilmente que está en NP -- un testigo es simplemente un factor de n entre L y U. Por otro lado, este problema no es* NP-completo porque también está en coNP: hay un testigo que demuestra que n no tiene ningún factor primo entre L y U, es decir, una factorización prima de n. Así que si la factorización fuera NP-completa entonces todos los problemas en NP estarían en coNP; es decir, NP=coNP. Así que el asterisco en este párrafo se refiere a la suposición NP $\neq$ coNP, que se cree con mucha fuerza.
El problema del isomorfismo de los gráficos es un ejemplo más interesante. Decir si dos grafos dados son isomorfos está obviamente en NP (el testigo es el isomorfismo). Pero además, Graph- No isomorfismo también está "casi" en NP. En concreto, está en la clase AM, que es esencialmente "NP aleatorio". Existe una "prueba interactiva" aleatoria de ronda constante de que dos grafos no son isomorfos. (Básicamente, si pones los dos grafos a tus espaldas, los reetiquetas al azar, luego los muestras a un prover y el prover siempre puede decirte cuál es cuál, entonces te convences de que los grafos deben ser no isomorfos). De esto se deduce que el isomorfismo de grafos no es NP-completo, porque si lo fuera, el no isomorfismo de grafos sería coNP-completo, y entonces todos los problemas coNP estarían en AM. Y se sabe que esto implica que "la jerarquía de tiempo polinómico se colapsa" (el Teorema de Boppana-Hastad-Zachos), lo que se cree ampliamente que no sucede.
(Por cierto, supuse que te interesaban sobre todo los problemas que son(nB'yt tNhPe- cwoamyp,l eIt ea sbseucmaeuds ey otuh ewye raer em o(sptrleys uimnatbelrye)s tteodo iena spyr. o b lIenm st hteh aott haerre nd'itr eNcPt-icoonm,p ltehteer eb eacraeu sael stoh epyr oabrlee m(sp rtehsautm asbhloyu)l dtno'ot ebaes yN. P - cIonm ptlheet eo tbheecra udsier etchteiyo na,r et hteoroe haarred ;a les.og .p,r oblemas que no deberían ser NP-completos porque son demasiado difíciles; por ejemplo, $\Sigma_2$ -problemas completos como "Dada una fórmula de forma normal disyuntiva $\phi$ y un número $s$ ¿existe una fórmula DNF equivalente de tamaño máximo $s$ ?")