Hay diferentes métodos, dependiendo de lo que se quiere lograr, la cantidad de datos que tienen, y lo bonita que quieras. Su idea es una buena idea y probablemente funcionaría bien. Por supuesto, otra respuesta obvia es mostrar todas las relaciones todo el tiempo, pero que habría que agregar una gran cantidad de desorden visual. Tal vez una buena solución de compromiso es siempre mostrar todas las relaciones, pero en un semi-transparente de color de modo que apenas son visibles. Entonces, cuando un usuario hace clic o se coloca el ratón sobre un punto de datos, los enlaces desde que punto podría llegar a ser opaco.
Una cosa que usted puede hacer para hacer mapas un poco más agradable e intuitivo es el uso de líneas curvas en lugar de rectas para conectarse a puntos de datos. Esto funciona en dos dimensiones o en tres dimensiones. Usted también puede hacer cosas interesantes, jugando con los colores y el nivel de transparencia de las líneas.
Uno muy bonito y elegante solución es el Mapa de Flujo. Esta visualización también sería más interesante si se agrega la interactividad de ser capaz de ratón por encima o haga clic en un punto de datos y ver la conexión de los puntos de datos.
Voy a dejar que los demás hablen de ArcGIS y QGIS, pero yo recomendaría tratando de protovis. Se trata de un lenguaje específico de dominio para la visualización construido en la parte superior de javascript por lo que debería de hacer algunas de estas visualizaciones relativamente fácil. El Mapa de Flujo de la página incluye el código en Java, que se puede traducir a otros lenguajes/plataformas. Probablemente no sería demasiado difícil de traducir el Mapa de Flujo de código para Protovis aunque yo no lo he probado.
