En otras palabras, usted quiere encontrar una permutación $\sigma$ que minimiza $|\sum_i c_{i\sigma(i)}|$?
Que es NP-duro, por la reducción del subconjunto suma el problema, lo que pide, para un número finito (multi)el conjunto de números $a_1,\ldots,a_n$, si existe un subconjunto no vacío que sumas a 0.
Dada una instancia de subconjunto suma, la construcción de una $c_{ij}$ matriz de dimensión $(2n-1)\times(2n-1)$ como sigue:
$$C=\begin{bmatrix}
a_1 & a_1 & \cdots & a_1 & 0 & \cdots & 0 \\
a_2 & a_2 & \cdots & a_2 & 0 & \cdots & 0 \\
\vdots & \vdots &\ddots& \vdots & \vdots && \vdots \\
a_n & a_n & \cdots & a_n & 0 & \cdots & 0 \\
0 & 0 & \cdots & 0 & 0 & \cdots & 0 \\
\vdots & \vdots && \vdots & \vdots & \ddots & \vdots \\
0 & 0 & \cdots & 0 & 0 & \cdots & 0
\end{bmatrix}$$
con $n$ copias de cada $a_i$, $n-1$ columnas de ceros a la derecha, y $n-1$ filas de ceros en la parte inferior.
A continuación, $\min_\sigma |\sum_i c_{i\sigma(i)}|=0$ si y sólo si existe un subconjunto no vacío de la $a_i$s que sumas a $0$. (Claramente $\sum_i c_{i\sigma(i)}$ es siempre la suma de un subconjunto de la $a_i$s, y tiene que ser un vacío subconjunto porque no hay suficientes columnas cero para la permutación para evitar todos los de ellos).